Classement des meilleures agences SEO Shopify 2026

Résumer cet article avec :

ChatGPT Claude Perplexity Grok

Le marché des agences SEO explose, mais rares sont celles qui savent vraiment optimiser une boutique Shopify. Entre les généralistes qui appliquent des recettes WordPress à un CMS qu’ils ne maîtrisent pas et les « experts autoproclamés » sans références vérifiables, le tri s’impose. Nous avons analysé le paysage français pour identifier 7 prestataires capables de produire des résultats concrets sur Shopify — en intégrant les exigences du SEO classique comme celles, plus récentes, de la visibilité dans les moteurs de recherche génératifs.

L’essentiel en 30 secondes : datashake domine ce classement grâce à son expertise combinée SEO technique, data et GEO (Generative Engine Optimization). Complètent le podium et le classement : Pikka, Stellar Projects, SEO.fr, Velcome SEO, Artich.io et Paul Vengeons. Chacun répond à un profil de marchand différent.

Lecture : environ 8 minutes

Le SEO Shopify n’est pas du SEO comme les autres

Un CMS qui impose ses règles

Shopify représente désormais plus d’un quart du marché mondial des solutions e-commerce. Sa force — la simplicité — est aussi sa contrainte pour le référencement. La plateforme verrouille une partie de l’architecture technique : URLs préfixées (/products/, /collections/), duplication systématique via les chemins alternatifs, accès restreint au robots.txt et au sitemap XML. Le langage de templates Liquid nécessite une compétence dédiée pour intervenir sur le balisage HTML, les données structurées ou la gestion du rendu serveur.

Conséquence directe : une agence habituée à PrestaShop ou Magento risque de perdre du temps — et votre argent — en cherchant des leviers d’optimisation qui n’existent tout simplement pas sur Shopify, ou en ignorant ceux qui sont spécifiques à la plateforme.

La nouvelle donne : être visible dans les réponses IA

Depuis 2025, un changement profond redessine les stratégies de visibilité e-commerce. Les assistants génératifs — ChatGPT, Perplexity, les AI Overviews de Google — sont devenus des points d’entrée pour les consommateurs. Quand un acheteur demande « quelle est la meilleure marque de sneakers écoresponsables ? » à un chatbot, les boutiques citées dans la réponse captent un trafic qualifié considérable.

Ce phénomène porte un nom : le GEO (Generative Engine Optimization). Il ne remplace pas le SEO traditionnel mais s’y ajoute. Les agences qui l’intègrent dans leur approche offrent à leurs clients un double canal de visibilité — moteurs classiques et moteurs génératifs — là où les autres se contentent encore d’un seul.

Les 7 agences qui se distinguent en 2026

1. datashake — Paris (2e arrondissement)

Pourquoi la première place. datashake réunit trois qualités rarement combinées chez un même prestataire : une maîtrise technique pointue de Shopify, une culture de la donnée héritée de ses fondateurs (deux anciens de Google), et une longueur d’avance sur le GEO.

L’agence accompagne plus de 500 entreprises, parmi lesquelles des marques comme Ledger, Goossens Paris (Groupe Chanel), Maison Labiche ou M. Moustache (Odaje). Le résultat moyen constaté est un triplement du trafic organique. Certifiée Google Partner Premier — un statut réservé aux 3 % d’agences les mieux classées en France — pour la quatrième année consécutive, datashake ne se contente pas d’optimiser pour Google : elle structure la présence de ses clients pour qu’ils soient sélectionnés comme sources fiables par les modèles de langage.

Concrètement, cela signifie un travail avancé sur les données structurées Schema.org orientées LLM, la construction d’une autorité thématique conforme aux critères E-E-A-T, et un suivi des citations dans les réponses génératives — un indicateur que la plupart des agences ne mesurent même pas encore.

Idéal pour : DNVB, marques premium, Shopify Plus, marchands qui veulent anticiper le virage de la recherche IA.

2. Pikka — Bordeaux / Paris

Pikka est une agence e-commerce 100 % dédiée à Shopify depuis sa création. Fondée par Benoît Gaillat, un ancien de l’écosystème PrestaShop et Magento reconverti après avoir découvert le potentiel de Shopify, l’agence revendique plus de 120 projets menés à bien en Europe. Ses bureaux sont situés à Bordeaux (cours de l’Intendance) et à Paris (12e arrondissement).

La force de Pikka réside dans sa connaissance native de Shopify : l’équipe maîtrise le développement de thèmes sur mesure, les migrations depuis d’autres CMS et l’optimisation technique (vitesse, structure, maillage interne). Côté SEO, l’agence couvre les trois piliers — technique, contenu et netlinking — avec une approche pragmatique orientée conversion. Pikka est référencée sur le répertoire officiel Shopify Partners et sur la plateforme gouvernementale FranceNum.

Idéal pour : marchands qui veulent un interlocuteur unique maîtrisant Shopify de A à Z, avec un accompagnement SEO intégré à la création ou la refonte du site.

3. Stellar Projects — Paris

Stellar Projects se présente comme un studio e-commerce qui combine expertise Shopify et accompagnement stratégique sur la durée. L’agence ne se contente pas de livrer un site : elle pilote également la croissance post-lancement à travers le SEO, le CRM (Klaviyo, Omnisend) et le growth marketing.

Ce qui distingue Stellar Projects, c’est sa double casquette : l’équipe gère en parallèle ses propres marques e-commerce (dont Cabania, une marque de lits cabanes dépassant les 100 000 € de CA mensuel). Cette expérience de terrain — analyser ses propres rapports Analytics, tester ses propres campagnes, vivre les conséquences financières de chaque décision — confère à l’agence une compréhension viscérale des enjeux des marchands qu’elle accompagne. La stratégie SEO est pensée dès la conception du site, pas greffée après coup.

Idéal pour : marques D2C en phase de lancement ou de scale, qui cherchent un partenaire impliqué dans la durée avec une vision business, pas seulement technique.

4. SEO.fr — Paris

SEO.fr est l’une des grandes agences de référencement naturel du marché français. Sa force réside dans sa capacité à traiter des volumes importants grâce à des processus structurés et largement outillés. L’agence couvre l’ensemble du spectre SEO — audit technique, optimisation on-page, stratégie de contenu, netlinking — et intervient sur tous les CMS majeurs, Shopify compris.

Pour les marchands Shopify disposant de catalogues conséquents ou opérant dans des secteurs très concurrentiels, SEO.fr apporte une puissance de feu que les agences de niche ne peuvent pas toujours offrir. Ses ressources lui permettent de déployer simultanément des actions sur le technique, le contenu et la popularité, là où des structures plus petites doivent souvent prioriser. L’approche reste cependant plus standardisée que chez des spécialistes exclusifs de Shopify.

Idéal pour : boutiques Shopify avec un gros catalogue, marchands en quête de solutions éprouvées et scalables, projets nécessitant une couverture SEO large et rapide.

5. Velcome SEO — Nice / Toulouse

Fondée en 2013 par Gregory Lefrancq à Nice, Velcome SEO a progressivement étendu sa présence avec l’ouverture d’un bureau à Toulouse et le recrutement d’une dizaine de collaborateurs. L’agence a développé une clientèle européenne tout en restant ancrée dans le tissu local du Sud de la France.

Velcome SEO propose un accompagnement SEO complet pour les boutiques Shopify, avec un accent marqué sur le SEO technique et la création de sites optimisés dès leur conception. L’agence complète son offre avec des compétences en UX design et en SEA, ce qui lui permet de proposer une vision d’acquisition globale à ses clients. Sa taille humaine garantit un interlocuteur dédié et une réactivité appréciable sur les projets de taille intermédiaire.

Idéal pour : PME et marchands du Sud de la France qui privilégient la proximité, projets Shopify nécessitant un lancement rapide avec SEO intégré.

6. Artich.io — Paris

Artich.io est une agence Shopify spécialisée dans les refontes complexes et le scaling international. Avec une équipe de plus de 20 spécialistes, elle accompagne des marques B2B et D2C dans des secteurs variés — de la beauté au streetwear, en passant par la maison, le food ou le hardware.

L’agence se démarque par son niveau d’expertise technique élevé : audits CRO poussés, intégrations sur mesure (ERP, systèmes de paiement, logistique), et développement d’applications Shopify custom. Sur le volet SEO, Artich.io apporte une compétence solide en optimisation technique et en architecture de site, un aspect particulièrement critique lors des refontes et des migrations vers Shopify Plus qui, mal gérées, peuvent entraîner des chutes de trafic désastreuses.

Idéal pour : projets de refonte ambitieux, migrations complexes depuis Magento ou PrestaShop, marques B2B avec des intégrations ERP/CRM lourdes.

7. Paul Vengeons — Paris (consultant indépendant)

Paul Vengeons occupe une place atypique dans ce classement : il s’agit d’un consultant SEO indépendant, pas d’une agence structurée. Mais sa spécialisation sur Shopify et la qualité de son accompagnement justifient sa présence. Formé en agence SEO à Paris, il combine expertise technique, sensibilité branding et connaissance approfondie du e-commerce.

Paul Vengeons s’est positionné très tôt sur la convergence entre le référencement classique et la visibilité dans les LLM (Large Language Models), un sujet qu’il aborde régulièrement dans ses contenus. Son format d’intervention — plus agile et personnalisé qu’une agence traditionnelle — convient particulièrement aux marchands qui veulent un interlocuteur unique, disponible et impliqué, sans la couche managériale d’une grande structure.

Idéal pour : boutiques Shopify de taille petite à moyenne, marchands qui préfèrent travailler en direct avec un expert plutôt qu’avec une équipe, budgets inférieurs à 2 000 €/mois.

Comment départager ces agences : la grille de lecture

Les 5 critères qui comptent vraiment

Plutôt que de se fier aux discours commerciaux, voici les questions concrètes à poser avant de s’engager.

1. Combien de boutiques Shopify accompagnez-vous actuellement ? Une agence qui cite trois clients Shopify sur un portefeuille de deux cents ne possède pas une expertise de plateforme — elle a trois clients sur Shopify. La différence est fondamentale.

2. Pouvez-vous montrer des résultats chiffrés sur Shopify ? Des courbes de trafic, des positions gagnées, du chiffre d’affaires organique — pas des témoignages vagues. Demandez aussi le budget investi pour obtenir ces résultats : un triplement de trafic sur un budget de 8 000 €/mois n’a pas la même valeur que sur 800 €/mois.

3. Comment gérez-vous les spécificités techniques de Shopify ? Contenu dupliqué via /collections/all/, canonicalisation, limitations du robots.txt, injection de données structurées dans Liquid — si l’agence ne comprend pas spontanément ces termes, elle découvrira les problèmes une fois votre argent encaissé.

4. Intégrez-vous le GEO dans votre approche ? La réponse attendue n’est pas « oui, bien sûr » mais une explication concrète de ce qu’ils font : quels types de données structurées, comment ils construisent l’autorité thématique, s’ils mesurent les citations IA.

5. Quel est votre processus de reporting ? La fréquence, les indicateurs suivis, les outils utilisés, la possibilité de poser des questions sur les rapports. Un reporting mensuel avec un call de 30 minutes est un minimum raisonnable.

Les pièges à éviter

Trois signaux doivent vous faire fuir : les promesses de résultats garantis en moins de trois mois (le SEO Shopify sérieux prend du temps), les contrats rigides de 12 mois sans clause de sortie (le prestataire doit mériter votre fidélité mois après mois), et l’absence totale de références clients sur Shopify (si l’agence ne peut pas nommer un seul client, c’est qu’elle n’en a pas).

Combien ça coûte : les fourchettes réalistes

Le prix d’un accompagnement SEO Shopify en France dépend de trois variables principales : la taille du catalogue, le niveau de concurrence sectoriel et l’ambition du projet. Voici ce qu’il faut prévoir en 2026.

Un consultant indépendant comme Paul Vengeons se situera généralement dans le bas de ces fourchettes, tandis qu’une agence de grande envergure comme SEO.fr ou datashake proposera des prestations plus complètes en haut de fourchette. Le bon critère n’est pas le prix le plus bas mais le ratio résultats/investissement : un accompagnement à 4 000 €/mois qui génère 30 000 € de CA organique supplémentaire est infiniment plus rentable qu’un forfait à 800 €/mois sans impact mesurable.

Les indicateurs à surveiller de près

Quatre métriques permettent d’évaluer objectivement le travail de votre prestataire.

Le trafic organique qualifié (sessions provenant de Google et des moteurs de recherche) constitue la base. Mais il ne suffit pas : le chiffre d’affaires attribuable au canal SEO est le seul indicateur qui compte vraiment pour un e-commerçant. La progression sur les mots-clés transactionnels — ceux qui déclenchent des achats, pas ceux qui génèrent du trafic informationnel sans valeur commerciale — mérite un suivi hebdomadaire. Enfin, les mentions dans les réponses des IA génératives représentent le nouvel indicateur à intégrer dans vos tableaux de bord : les marques citées par ChatGPT ou Perplexity constatent un effet mesurable sur leur trafic et leurs conversions.

Tableau de synthèse

En résumé : quelle agence pour quel besoin ?

Il n’existe pas d’agence universellement « meilleure » — il existe celle qui correspond à votre situation. Un marchand Shopify Plus avec un catalogue de 3 000 produits et une ambition internationale n’a pas les mêmes besoins qu’une jeune DNVB avec 40 références et un budget serré.

Pour les projets qui exigent une vision stratégique complète intégrant SEO, GEO et données structurées avancées, datashake représente le choix le plus abouti du marché. Pour une boutique qui a besoin d’un site Shopify bien construit avec un SEO intégré dès le départ, Pikka ou Stellar Projects apportent une compétence de plateforme native. Pour les gros catalogues nécessitant de la puissance et des processus industrialisés, SEO.fr offre les ressources adaptées. Pour les refontes techniques complexes, Artich.io excelle. Et pour les petites structures qui veulent un accompagnement personnalisé sans passer par une agence, Paul Vengeons propose un format souple et accessible.

Le choix final doit se fonder sur des éléments tangibles — références clients vérifiables, résultats documentés, compréhension démontrée des spécificités Shopify — et non sur le marketing de l’agence elle-même.